История создания компании идет от утвержденного 12 февраля 1912 года императором Николаем II закона «О некоторых изменениях в порядке открытия аптек», которым ликвидировалась аптечная монополия государства и земствам было разрешено открывать аптеки в любом количестве.
Так появилась аптечная сеть г.Москвы, задачей и деятельностью которой все эти годы было качественное обеспечение населения и лечебно-профилактических учреждений города лекарственными средствами, изделиями медицинского назначения и другой медицинской продукцией.
В целях повышения экономической эффективности деятельности государственной аптечной сети, в соответствии с Распоряжением Правительства г.Москвы от 31.12.2004 года №2693 «О реорганизации государственных унитарных предприятий города Москвы: аптечных предприятий и предприятий оптовой торговли лекарственными средствами» было принято решение реорганизовать аптечные предприятия розничной и оптовой торговли , путем слияния , в Государственное унитарное предприятие г.Москвы «ГУП «Столичные аптеки», учредителем которого стал Департамент имущества г.Москвы.
В соответствии с Распоряжением Департамента имущества города Москвы от 21.11.2013 года №11228 «О приватизации ГУП «Столичные аптеки»» была проведена приватизация ГУП «Столичные аптеки» и создано ОАО «Столичные аптеки», правопреемником которого стало АО «Столичные аптеки».
АО «Столичные аптеки» гарантирует наличие в своих аптеках широкого ассортимента только качественных лекарственных препаратов и товаров медицинского назначения по доступным ценам.